為了保證半圓管的傳熱性能，往往是需要要求半圓管表面盡量保持光潔。但是，由于風機盤管一般配備的均為粗效過濾器，孔眼比較大，在剛開始使用時，難免有粉塵穿過過濾器而附著在盤管的管道或肋片表面。如果不及時清潔，就會使盤管中冷熱水與盤管外流過的空氣之間的熱交換量減少，使盤管的換熱效能不能充分發揮出來。如果附著的粉塵很多，甚至將肋片間的部分空氣通道都堵塞的話，則同時還會減少風機盤管的送風量，使其空調性能進一步降低。清潔方式可參照空氣過濾器的清潔方式進行，但清潔周期可以長一些，一般一年清潔一次。